В организме человека паразитируют простейшие (Protozoa), относящиеся к четырем классам: Rhizopoda — корненожки (основной отряд—амебы); flagellata — жгутиконосцы; ciliata — ресничные, или инфузории; sporozoa — споровики.
Большинство простейших не являются патогенными для человека, но некоторые из них способны вызвать тяжелые заболевания. Важную роль в таких случаях играет лабораторное исследование, так как обнаружение возбудителя в исследуемом материале подтверждает диагноз.
Простейшие, паразитирующие в организме человека, встречаются на различных стадиях полового и бесполого размножения в виде вегетативных (подвижных и неподвижных) форм и цист.
Инцистирование — характерная способность простейших округляться и покрываться плотной оболочкой, превращаясь в цисту. Циста значительно более устойчива к воздействию неблагоприятных условий внешней среды, чем вегетативная форма. В благоприятных условиях окружающей среды простейшие выходят из стадии цисты и начинают размножаться.
Простейшие (патогенные, условно-патогенные и непатогенные) могут локализоваться в организме человека в различных органах и тканях. В зависимости от вида паразита и его локализации материалом для исследования могут быть кровь, костный мозг, содержимое абсцессов различных органов (печени, легких, головного мозга) и полостей, полученное с помощью пункции и при операциях, мокрота, моча, отделяемое половых органов, язв кожи. При развитии патологического процесса в кишках материалом для исследования могут быть кал, слизь и экссудат, полученные при ректороманоскопии, содержимое двенадцатиперстной кишки, желудка и кишок, полученное из послеоперационных свищей, и пр.