При исследовании мазков и толстых капель крови за возбудителя малярии иногда ошибочно принимают тромбоциты. Единичный тромбоцит, лежащий на эритроците, может быть принят за мерозоит, а скопление их — за морулу. Отличаются тромбоциты от мерозоитов своей окраской и характером цитоплазмы: тромбоциты имеют бледно-розовый цвет, мелкую, более розовую зернистость, а мерозоит состоит из компактного красного ядра и голубой цитоплазмы.
В мазках крови иногда обнаруживаются посторонние микроорганизмы, попавшие извне — грибы, водоросли, простейшие и др. Особое сходство с малярийными плазмодиями имеют некоторые виды грибов круглой или овальной формы с компактным образованием в центре, похожим на ядро. Обрывки лейкоцитов, образования со жгутами также могут напоминать плазмодии. Дифференцировать их с плазмодиями помогает обнаружение почкующихся клеток.
В спорных случаях следует учитывать, что малярийный плазмодий состоит из ядра и цитоплазмы, а зрелые паразиты имеют еще и пигмент. При обнаружении в мазке только ядра или только цитоплазмы диагноз малярии ставить нельзя.
Некоторые представители класса споровиков паразитируют в кишках человека.
Isospora belli (hominis) паразитирует в ворсинках тонкой кишки, бесполый и половой циклы развития проходит в эпителиоцитах кишок. Вызывает довольно редкое заболевание человека — кокцидиоз, при котором в кале обнаруживаются ооцисты. Они овально-вытянутые, бесцветные, с двухконтурной оболочкой, длиной 25 33 мкм, шириной 10—19 мкм, цитоплазма их наполнена сильно преломляющими свет зернами. В свежевыделенном кале ооцисты имеют шаровидную форму.
Ооцисты обнаруживаются в кале к концу заболевания и даже после выздоровления, поэтому своевременно поставить диагноз часто не представляется возможным.
Blastocystis hominis — часто встречающийся в кале микроорганизм. По внешнему виду напоминает цисты некоторых видов амеб. Это круглые или овальные образования различного размера (от 5 до 20 мкм и более). Всю их центральную часть занимает большая вакуоль с гомогенным, слабо преломляющим свет веществом (раствором Люголя окрашивается в желтый цвет), которое окружено нешироким ободком цитоплазмы. В цитоплазме находится одно или несколько ядер. Делящиеся формы имеют вид бисквита. Для человека Blastocystis hominis непатогенен, наличие большого количества его в кале считают косвенным показателем катарального состояния слизистой оболочки кишок.